Durch Selbstorganisation einzelner Gruppen können Fraktale mit gleicher Außenschnittstelle eine andere interne Organisation finden. Damit können aber Voraussetzungen für Rationalisierungsmaßnahmen verloren gehen. Besonders in der Informationsverarbeitung können gewachsene, heterogene Systeme mit parallelem Wartungs- und Entwicklungsaufwand und den zusätzlich notwendigen Schnittstellen große Kosten verursachen.
Die Existenz gemeinsam nutzbarer zentraler Einrichtungen im Unternehmen wird zwar postuliert, allerdings dürften diese auf das "Erbe" der vorhergehenden, nicht fraktalen Struktur eines Unternehmens zurückgehen. Ob und wie zentrale Einrichtungen von Fraktalen erzeugt werden können, bleibt unklar. Wenn eine dezentrale Alternative den unmittelbaren Sachzwang zu einer zentralen Lösung aufhebt, besteht die Gefahr, daß dieser der Vorzug gegeben wird, auch wenn sie in Summe wesentlich teurer ist.