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Für eine bessere Anpassung an den/die jeweilige Benutzer/in kann man gewisse Aspekte von jCAPT konfigurieren. Diese Konfiguration wird beim Beenden von jCAPT im Einstellungen-Verzeichnis des/der am Betriebssystems angemeldeten Benutzers/in in der Datei jCAPT-Prefs.xml gespeichert. Die meisten Einstellungen wirken sofort nach Schließen des Einstellen-Dialogs, für manche muss man jCAPT neu starten.